En mai 2000, le président Alberto Fujimori brigue un troisième mandat controversé face à son principal opposant, l'économiste Alejandro Toledo. Dès le premier tour, des fraudes électorales massives sont constatées, poussant Toledo à appeler au boycott du scrutin. Fujimori parvient à se faire réélire et entame son nouveau mandat le 28 juillet. Cependant, son gouvernement s'effondre quelques semaines plus tard avec la diffusion de vidéos accablantes (les fameuses "Vladi-vidéos") montrant son proche conseiller, Vladimiro Montesinos, en train de soudoyer des membres du Congrès.
Acculé par ce scandale retentissant et par la pression de la communauté internationale, Fujimori s'enfuit au Japon en novembre 2000 et tente de démissionner par fax. Face à cette vacance du pouvoir, le président du Congrès, Valentín Paniagua, assume courageusement la présidence par intérim et convoque de nouvelles élections transparentes pour avril 2001. Ce scrutin oppose Alejandro Toledo à Alan García, ancien président (1985-1990) de retour d'exil malgré de lourdes accusations de corruption. Avec 36 % des voix contre 24 % pour García, Toledo est élu président le 3 juin 2001, refermant ainsi la parenthèse autoritaire des années 90.
Sous la présidence d'Alejandro Toledo, le Pérou maintient une ligne néolibérale et consolide les réformes économiques structurelles. Cette période (2001-2006) marque le début d'une forte stabilité et d'une croissance soutenue, principalement tirée par l'industrie minière, le boom du secteur de la construction et l'agriculture d'exportation. Les investissements étrangers affluent dans le pays et l'inflation est rigoureusement maîtrisée.
Toutefois, malgré ces excellents indicateurs macroéconomiques, le "ruissellement" des richesses tant promis tarde à se matérialiser. Les fortes inégalités sociales demeurent ancrées, et le gouvernement peine à répondre aux attentes des populations rurales et andines, qui se sentent exclues des bénéfices de cette croissance.
En 2006, à la surprise générale, Alan García réussit son retour sur la scène politique et remporte la présidence avec la promesse de réduire la pauvreté tout en stimulant l'économie. Profitant d'une conjoncture mondiale exceptionnelle et de la hausse fulgurante du prix des matières premières, son gouvernement met en place des réformes pour attirer massivement les capitaux étrangers. Le "miracle péruvien" bat son plein : la croissance frôle les 9 % en 2010 et le pays traverse la crise financière mondiale de 2008-2009 avec une résilience remarquable.
Le chômage recule et le taux de pauvreté diminue de façon notable. Cependant, le modèle économique de García, très axé sur l'extraction, provoque de graves tensions. De profonds conflits éclatent entre le gouvernement et les communautés indigènes, ces dernières dénonçant l'exploitation de leurs ressources naturelles et la pollution de leurs terres sans consultation préalable.
L'élection de 2011 voit s'affronter le nationaliste Ollanta Humala, Keiko Fujimori (la fille de l'ancien dirigeant) et Alejandro Toledo. Humala remporte le scrutin au second tour, porté par un discours axé sur la justice sociale et la réduction des fractures entre la capitale et les provinces. Face à une pauvreté persistante dans les zones rurales malgré l'enrichissement global du pays, son mandat (2011-2016) prend un virage résolument social.
Son administration crée le ministère du Développement et de l'Inclusion sociale et lance de grands programmes d'aide, tels que Juntos (qui soutient financièrement les familles vulnérables) et Pensión 65 (une allocation pour les personnes âgées démunies). Néanmoins, son gouvernement se heurte aux mêmes écueils que ses prédécesseurs : de violentes manifestations paralysent plusieurs régions minières, où les projets extractifs sont perçus comme une menace directe pour l'environnement et les moyens de subsistance locaux.
À partir de 2016, le Pérou entre dans une zone de fortes turbulences institutionnelles. Pedro Pablo Kuczynski (PPK) remporte de justesse l'élection face à Keiko Fujimori, mais fait face à un Parlement dominé par l'opposition fujimoriste. Éclaboussé par les répercussions du méga-scandale de corruption Odebrecht (qui impliquera d'ailleurs tous les anciens présidents péruviens vivants), PPK est contraint à la démission en 2018.
Son vice-président, Martín Vizcarra, prend alors les rênes du pouvoir. Populaire pour sa lutte farouche contre la corruption et sa dissolution audacieuse du Congrès en 2019, il est finalement destitué de manière très controversée par les parlementaires en novembre 2020, en pleine crise sanitaire du COVID-19. S'ensuit une crise éclair : Manuel Merino ne reste au pouvoir que cinq jours avant d'être renversé par des manifestations massives, laissant place au gouvernement de transition de Francisco Sagasti.
En 2021, l'instituteur et syndicaliste rural Pedro Castillo crée la surprise en remportant l'élection présidentielle. Mais son mandat, marqué par l'inexpérience, une instabilité ministérielle record et un conflit permanent avec le Parlement, s'achève brutalement en décembre 2022 lorsqu'il tente de dissoudre illégalement le Congrès. Il est arrêté et remplacé par sa vice-présidente, Dina Boluarte.
L'arrivée de Dina Boluarte au pouvoir déclenche une vague de protestations sociales d'une ampleur inédite, principalement dans le sud andin, qui sont sévèrement réprimées. Son administration peine à retrouver une légitimité et à relancer un moteur économique freiné par l'inflation mondiale et l'insécurité croissante.
La fin de son mandat précipite le pays dans une nouvelle phase de transition complexe. José Jerí assume brièvement la présidence (2025-2026), tentant d'apaiser un climat politique fracturé par le biais d'un dialogue modéré. Il est suivi par l'éphémère et très polarisant passage au pouvoir de José María Balcázar en 2026, dont l'administration de transition ne parvient pas à rassembler le pays.
Ce chaos institutionnel pavé de gouvernements courts finit par profiter à Keiko Fujimori. Après trois échecs consécutifs au second tour, elle remporte finalement la présidence en 2026, s'appuyant sur une promesse de retour à l'ordre sécuritaire et à la "main de fer" économique, ouvrant ainsi un nouveau chapitre particulièrement scruté de l'histoire péruvienne.
Le Pérou d'aujourd'hui est un pays de formidables contrastes, en pleine transformation. D'un côté, il maintient son statut de nation émergente dynamique en Amérique latine, riche de ses ressources, de sa culture, et d'une classe moyenne en constante expansion. Le pays continue d'attirer les investissements internationaux et tisse des liens solides avec les grandes économies mondiales.
De l'autre, il doit relever des défis colossaux : la lutte contre une corruption systémique, la réduction des inégalités béantes entre la côte urbaine et les zones andines ou amazoniennes, et la gestion durable de son environnement face aux immenses besoins en infrastructures. Trouver le juste équilibre entre modernisation économique, justice sociale et respect des traditions indigènes reste le grand défi du Pérou pour les décennies à venir.